历史遗留宅基地问题是确权登记中的难点。自然资源部、农业农村部联合发布《关于分类化解历史遗留问题扎实做好房地一体宅基地确权登记工作的通知》（自然资发〔2025〕217号），要求坚持尊重历史、实事求是、先易后难、严守底线，分类化解“一户多宅”、农房建设未经用地或规划审批等历史遗留问题。对于“一户多宅”问题：合法取得的宅基地均予以确权登记；同一农户拥有多处宅基地，面积之和未超过当地标准的，可作为一处宅基地管理予以确权登记。对于农房用地未经审批的问题：符合“一户一宅”等条件的农户，合理农房用地没有审批手续的，经村集体确认并公告15个工作日无异议，报乡镇政府审核批准后确权登记。对于农房未经规划审批的问题：合法宅基地上房屋没有规划手续，在《城乡规划法》实施前建成的，无需提交符合规划的材料。宅基地具备登记条件的，可先行办理宅基地使用权登记。