宅基地使用权因房屋灭失而消灭，这是“房地一体”原则的重要体现。依据国家土地管理局《确定土地所有权和使用权的若干规定》第二十九条，因原房屋拆除、改建或自然坍塌等原因，已经变更了实际土地使用者的，经依法审核批准，可将土地使用权确定给实际土地使用者；空地及房屋坍塌或拆除后两年以上仍未恢复使用的土地，由当地县级以上人民政府收回土地使用权。第四十八条进一步规定：“非农业户口居民（含华侨）原在农村的宅基地，房屋产权没有变化的，可依法确定其集体土地建设用地使用权。房屋拆除后没有批准重建的，土地使用权由集体收回。”城镇户籍子女作为非农业户口居民，在农村房屋被拆除或者自然坍塌后，应在两年内得到批准后才能进行重建，如果批准没有通过，宅基地的使用权将被村集体收回。城镇户籍子女未经批准直接在原宅基地上重建房屋的，新建的房屋因为没有得到批准会被认定为违法建筑。