宅基地使用权纠纷是否适用诉讼时效，需要区分不同情形。不动产物权的权利人请求返还财产，不适用诉讼时效的规定。宅基地使用权作为不动产物权，其权利人请求确认物权归属、请求返还被非法占有的宅基地等物权请求权，不适用三年的诉讼时效限制。但是，如果宅基地使用权纠纷中涉及债权请求权（如要求赔偿损失、支付使用费等），该部分债权请求权仍受三年诉讼时效的约束，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。宅基地地界争议属于确权纠纷，应先由人民政府处理，对处理决定不服的，自接到处理决定通知之日起三十日内向人民法院起诉。因继承房屋占用宅基地的，继承权的行使受《民法典》继承编关于继承时效的规定约束。宅基地使用权纠纷当事人应及时行使权利，避免因拖延导致维权困难。