历史遗留宅基地问题是确权登记中的难点。由于历史上房屋管理制度的变迁、权属资料不完整等原因，大量宅基地存在权属不明晰的情况。处理历史遗留宅基地问题应遵循“尊重历史，兼顾现实”的原则。对于历史上形成的宅基地，应尊重历史事实，妥善处理历史遗留问题。在确权登记过程中，应充分考虑现实情况，确保宅基地及其地上房屋的权利人合法权益得到保障。对于没有权属来源材料的宅基地，应当查明土地历史使用情况和现状，经村集体经济组织确认、公告30天无异议、乡镇政府审核批准后予以确权登记。1999年《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》印发前，回原籍村庄、集镇落户的职工、退伍军人、离（退）休干部以及回乡定居的华侨、港澳台同胞等，原在农村合法取得的宅基地，可依法确权登记。1999年后，城市居民违法占用宅基地建造房屋、购买农房的，不予登记。