宅基地使用权登记与实际出资建房主体不一致时，应如何确定权利归属？《民法典》第214条规定，不动产物权以登记为准；第146条同时规定，应结合真实意思表示判断民事法律行为效力。

在宅基地纠纷中，登记具有权利外观效力，但并非唯一认定依据。司法实践中，法院通常重点审查：建房资金来源、审批及建造过程参与情况、长期居住使用状态以及家庭内部约定。若证据能够证明登记仅为代持安排或历史登记错误，而实际出资建造并长期占有使用者为他人，则可能对登记效力进行突破，确认实际权利归属。