农村宅基地房屋因其特殊的土地性质，在确权中有特殊的法律规则。宅基地的所有权归村集体所有，村民仅享有使用权。宅基地使用权及其上房屋存在权属争议时，确权登记发证将无法进行，需要先解决权属争议。土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理——个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。对于农村房屋未取得乡村建设规划许可证甚至未办理宅基地使用权证的情况，能否办理确权登记需要具体分析，不能“一刀切”判定为违建。自然资源部明确规定，存在权属争议、违反法律法规等情形的，不予确权登记。