房屋确权纠纷有时会与不动产登记行政案件交叉。当当事人对不动产登记机构颁发的权属证书有异议时，可能同时涉及民事确权纠纷和行政诉讼。依据相关司法解释，若行政争议的核心在于房屋所有权争议，为减轻当事人诉累、实质解决争议，法院可依据行政诉讼法第六十一条的规定，向当事人释明其可在行政诉讼中申请一并解决相关民事争议。这一制度设计避免了当事人分别提起民事诉讼和行政诉讼的诉累，有利于一次性解决纠纷。当事人在面临此类交叉案件时，应充分评估选择民事确权之诉、行政诉讼或行政附带民事诉讼的利弊。