房屋登记行为存在违法情形时，当事人提起行政诉讼要求撤销登记并不少见。但实践中，法院并非一律判决撤销登记，对于已经发生物权变动且撤销将严重损害国家利益、社会公共利益或者第三人合法权益的，法院可能作出确认违法但不撤销登记的判决。两类判决对善意第三人的保护程度并不相同。

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条第一款规定，行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或者撤销后会对第三人合法权益造成重大损害的，人民法院可以判决确认行政行为违法，但不撤销行政行为。

对于确认违法但保留登记效力的情形，登记所产生的物权变动原则上继续有效，已经依据登记取得房屋所有权的善意第三人，其权利通常不因登记程序存在瑕疵而当然丧失。当事人因此遭受损失的，可以依法另行请求赔偿。如果法院直接判决撤销登记，则登记自撤销后失去法律基础，原登记权利状态恢复。在后续民事纠纷中，还需结合《民法典》第三百一十一条关于善意取得制度，审查受让人是否符合善意、有偿受让并完成登记等构成要件，决定其能否继续取得物权。

因此，确认违法判决更侧重于维持既有法律关系的稳定，而撤销判决则意味着登记基础发生变化，对第三人物权是否最终受到保护，还需结合善意取得规则进一步判断。