在房屋确权案件中，部分房屋因多次登记、历史变更或登记错误，导致历史登记档案与现有产权证记载内容存在差异。当两者发生冲突时，应如何认定房屋权属？

根据《中华人民共和国民法典》第二百一十六条规定，不动产登记簿是不动物权归属和内容的根据。不动产权证书是权利人享有不动产权利的证明，但其内容应当与登记簿保持一致。当两者不一致时，原则上应以登记簿记载为准。实践中，历史登记资料并非当然优先于现有登记，也并非完全失去证明价值。人民法院通常会调取完整登记档案，结合产权变更过程、行政审批文件、测绘成果及房屋交易情况综合审查。如果现有登记系因登记错误、虚假登记或者违法登记形成，历史登记资料往往能够作为认定真实权属的重要证据。

对于确有证据证明登记错误的，当事人可以依法申请更正登记，也可以提起确权诉讼，请求人民法院依法确认真实权利状态。

因此，历史登记资料与现有产权证发生冲突时，应坚持登记公示原则与客观真实原则相结合，结合登记形成原因及相关证据依法认定房屋权属。