农村房屋买卖因违反宅基地管理规定等原因被认定合同无效的情形较为常见。合同无效后，除返还房屋、返还购房款外，房屋因市场上涨产生的增值利益如何处理，也是实践中的争议焦点。

根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条规定，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿；有过错的一方还应赔偿对方因此受到的损失。司法实践中，人民法院通常认为，房屋自然增值属于房屋本身价值增长，一般应归合法权利人享有。但如果受让人在实际占有期间投入大量资金进行装修、扩建、维修，使房屋价值明显提升，对于新增价值部分，法院通常会结合双方过错程度、实际投入情况及公平原则依法确定补偿数额。

此外，如双方均明知交易违反法律规定仍签订合同，人民法院在分配损失时，也会综合考虑双方过错，不会简单支持一方全部获益。

因此，农村房屋买卖合同无效后，房屋自然增值通常随房屋归属于合法权利人，而因受让人实际投入形成的增值部分，则可能依法获得合理补偿。