1.法律效力不同。商品房预售合同备案登记制度是一种行政管理制度。在产权过户登记前商品房预售合同仍然没有物权效力，出卖人仍然是标的物法律意义上的产权人。而预告登记则是不动产登记制度。经预告登记的不动产买卖合同买受人的债权已经添附了预期物权，可以享有产权已过户后的部分权利，包括可以对抗前手抵押权人行使抵押权，司法机关也不能将已预告登记的不动产当作出卖方的财产施以强制执行。

2.登记程序不同。商品房预售合同的登记备案是政府主管部门行使监管职权，房地产经营企业满足预售条件、履行报备义务、接受资格审查的一项行政管理行为。而预告登记则是双方达成合意方能申请，也可以不申请预告登记。

3.适用范围不同。备案登记其登记的标的仅限于商品房预售合同，商品房的现房买卖、二手房买卖、旧房买卖合同都被排除在备案登记的范围之外。预告登记则适用于所有不动产交易、不仅包括商品房买卖和私房交易，还包括国有土地使用权的有偿转让、房地产开发项目的整体受让等。

4.启动主体不同。备案登记的启动主体是房地产开发商，而预告登记的启动主体是签订了物权协议的当事人。

5.登记机关不同。备案登记的登记机关是建设主管部门或房地产管理部门（土地管理部门），而预告登记的登记机关则是房屋的登记机构。