广州陈某与廖某婚后共同出资建造房屋，其中一层为合法产权，二层未办理规划审批手续，属于违章建筑。离婚时，双方均主张合法层的所有权，对违章层的使用权也存在争议。法院判决合法层归陈某所有，陈某向廖某支付补偿款；违章层由廖某临时使用，待相关部门处理后再按规定处置，使用期间需承担安全责任。

夫妻共同房产中的违章建筑，因无法取得合法产权，离婚时不得分割所有权，仅能对其使用权益及对应财产价值（如建筑成本）进行处理。合法部分按普通共同财产分割，可采用折价补偿、竞价等方式；违章部分，法院通常根据实际使用需求、家庭情况判决临时使用权归属，同时明确“不得出租、转让”，待行政机关拆除或合法化后，再按规定处理。

若违章建筑已被行政机关责令拆除，仅能分割建筑残值；若后续通过补办手续合法化，可追溯认定为共同财产，重新分割产权。此外，若一方在婚姻存续期间擅自搭建违章建筑，导致房产被处罚或贬值，另一方可主张其承担赔偿责任。

实务建议包括：购买或建造房产时，确保手续合法，避免因违章影响权益；离婚时，主动向法院说明房产含违章部分的情况，配合行政机关认定；留存违章建筑的出资凭证、建造合同等，佐证共同投入事实；约定临时使用权时，明确使用期限、安全责任及后续处置方案，避免后续纠纷。