在离婚案件中，合理分割夫妻共同财产里的股票、债券、投资基金份额等有价证券，是保障双方合法权益的关键环节。依据《民法典》规定，夫妻对共同财产有平等的处理权，离婚时应遵循均等分割、照顾子女和女方权益等原则进行分配。

法院在处理此类案件时，优先倡导当事人通过协商解决。因为协商能充分考虑双方意愿和实际情况，灵活且高效地达成双方都能接受的分配方案，避免矛盾激化。若协商不成，或者按市价分配存在困难，比如证券市场波动大，难以准确确定某一时刻的市价，此时法院会根据有价证券的数量按比例分配。判决生效后，具体的买卖、过户等操作问题则由当事人自行决定，这给予了当事人一定的自主空间。

另外，对于法律法规限制转让的股票或股份，像一些特定行业的内部职工股等，由于存在转让限制条件，人民法院不宜直接进行分割处理。此时法院会告知当事人在符合转让条件后，再向人民法院起诉进行分割，这样既遵循了法律法规的规定，也为当事人后续解决财产分割问题提供了合理的途径，确保分割过程合法、有序。