首先，要明确房产登记有子女份额，通常意味着该房产是父母与子女的共有财产。因为在法律上，不动产的所有权是由登记的权利人享有的，既然子女的名字登记在了房产证上，那子女就成为了房产的共有人。

如果有明确的书面协议约定了各方的份额，那么离婚时就按照协议来分割。比如协议约定父母各占 40%，子女占 20%，那就按这个比例来处理。如果没有约定份额，一般情况下可能会认为父母和子女各占一定比例，比如三人各占三分之一。不过，法院在实际分割时，还会综合考虑很多因素，比如夫妻双方对房产的出资情况，如果一方出资较多，可能会适当多分得一些份额。还有子女的实际需求，特别是如果子女未成年，可能会考虑由直接抚养子女的一方适当多分，以保障子女的居住权益等。

需要注意的是，离婚时夫妻双方只能分割属于自己的那部分份额，对于子女的份额是不能随意处置的。子女的那部分份额通常由直接抚养子女的一方代为管理，但只能是为了子女的利益才能进行处分，比如子女因重大疾病等特殊原因急需用钱，需要变卖房产份额来治疗，这种情况下才可以合理处理。总之，离婚时房产登记有子女份额的分割，要充分考虑各方的权益，遵循公平合理的原则来进行。