违章建筑和违法建筑在征收中的补偿问题较为复杂，但“无证”不等于“违建”。依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。然而，这一规定不能绝对化、机械化地适用。对于因历史政策、农村管理不规范等原因形成的无证房屋，应本着“尊重历史、照顾现实”的原则予以合理补偿。最高人民法院明确：历史形成的无证房屋，不得直接认定为违建。建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日）的无证房屋，可认定为合法建筑，参照有证房屋补偿。农村无证房拆迁补偿的核心原则是：“无证”不等于“违建”，补偿与否取决于房屋建设的历史背景、政策沿革和现实情况。1982年以前农村自建的房屋，若符合当时的“一户一宅”标准，且不存在非法占用耕地等违规情形，即使没有房产证，也应被认定为合法建筑。