违章建筑和违法建筑在征收中的补偿问题较为复杂，但“无证”不等于“违建”。依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。然而，这一规定不能绝对化、机械化地适用。对于因历史政策、农村管理不规范等原因形成的无证房屋，应本着“尊重历史、照顾现实”的原则予以合理补偿。最高人民法院明确：历史形成的无证房屋，不得直接认定为违建。若房屋建造时是合法的但没有合法产权证明，是由于不可归咎于其自身的历史遗留问题，且被拆迁人在该房屋内已长期生活居住，应当得到合法补偿安置。实践中，以下六类无证房屋可按合法建筑给予补偿：因历史原因遗留的未登记房屋、经所在区政府批准的可视为合法建筑的其他类型未登记房屋等。