违章建筑和违法建筑在征收中的补偿问题较为复杂。依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。然而，该条款的适用不能绝对化、机械化。对于因历史政策、农村管理不规范等原因形成的无证房屋，当事人往往已长期和平地占有使用，并投入大量资金，形成了值得法律保护的稳定财产权益。实践中，并非所有历史遗留“违章建筑”都无拆迁补偿，对于部分符合“特定政策例外”的违章建筑，司法机关和地方行政机关通常会在补偿中予以适当考虑。农村房屋建设时间早、由于历史遗留问题等原因造成的违章建筑，如果属于农民的唯一住房，在征收拆迁时也需要给予一定的安置补偿费用。